Kostel byl postaven ve slohu barokní gotiky. Záměr na stavbu poutního kostela pojal žďárský opat Václav Vejmluva v roce 1719 po otevření hrobu sv. Jana Nepomuckého. Stavba probíhala v letech 1720–1722 na jeho náklad. Smyslem stavby bylo především oslavit Jana Nepomuckého, jako mocného patrona a světce. Základní kámen stavby byl položen 16. května 1720, chrám byl vysvěcen dne 27. září 1722.[1]

V době vzniku stál na travnatém vršku, který Václav Vejmluva pojmenoval Zelená hora (dříve se nazýval Černý les nebo Strmá hora) podle vrchu u Nepomuku, ze kterého pocházel Jan Nepomucký i první žďárští mniši. Do nedávné doby byla stavba obklopena vysokým borovým lesem, který však byl odstraněn, aby bylo na kostel tak jako původně vidět i z velké dálky.