Kostel byl postaven ve slohu barokní gotiky. Stavba poutního kostela probíhala v letech 1719–1722 na náklad opata zdejšího cisterciáckého kláštera Václava Vejmluvy. Smyslem stavby bylo především oslavit Jana Nepomuckého, jako mocného patrona a světce.

 V době vzniku stál na travnatém vršku, který Václav Vejmluva pojmenoval Zelená hora (dříve se nazýval Černý les nebo Strmá hora) podle vrchu u Nepomuku, ze kterého pocházel Jan Nepomucký i první žďárští mniši. Do nedávné doby byla stavba obklopena vysokým borovým lesem, který však byl odstraněn, aby bylo na kostel tak jako původně vidět i z velké dálky.

Ústřední kostel i jej obklopující ambit jsou jednotně projektovanou a budovanou stavbou. Tvarosloví stavby je velmi minimalistické a nesmírně účinné. Spojuje barokní a gotické prvky, čímž odkazuje k době, v níž žil, působil a byl umučen Jan Nepomucký. Konstrukce kostela vychází z geometrie kruhu, přičemž mnohonásobně opakuje číslo pět jako odkaz na pět hvězd Jana Nepomuckého, které se podle legendy objevily nad tělem mrtvého světce. Dobře tak ukazuje způsob, kterým Santini obvykle konstruoval své stavby prakticky pouze za použití kružítka, přičemž budoval celou stavbu pomocí úseků kružnic, jejichž poloměrem jsou zpravidla násobky základního modulu stavby. Používal přitom určitých číslic, které mají ikonografický význam. V jeho stavbách se proto často objevují čísla tři, pět, sedm, dvanáct atp. Na Zelené hoře je to vedle čísla pět ještě číslo tři, které je poukazem na Boží trojici, a potom ve formě hvězd číslo šest, které je zase odkazem mariánským, mj. proto, že Nepomuk byl chápán i jako obzvláštní ctitel Panny Marie. Po obvodu kostela se tak střídá pět hrotitých kaplí s trojúhelníkovým půdorysem a pět kaplí oválných. Celý kostel přitom svou konstrukcí připomene řez chórem gotické katedrály a jeho opěrným systémem. Centralita kostela pak buduje vertikálu jako určitý symbolický poukaz. Tato vertikála totiž nutně táhne pohled návštěvníků vzhůru k nebi.